六安市疾控中心病原微生物学实验室于2021年获批安徽省医疗卫生重点专科，是安徽省预防医学首批和第二周期重点专科，承担全市四县三区重大传染病监测、公共场所卫生学指标监测、食品和健康相关产品检测、新发再发传染病病原微生物检测。在做好政府下达的各项指令性任务的同时，积极开展微生物检验方面的研究。微生物学科结合疾病预防工作的实际，积极开展科研工作。与六安市人民医院，六安市中医院，以及安徽医科大学、中国疾控中心等单位合作，已经完成或正在实施多项课题研究。多年来，科室先后主持完成8个课题研究，荣获省、市级科技进步一、三等奖 11项。

学科现有21人，高级职称5人，其中一级主任技师（2级岗）1人，副高级职称4人，硕导4人，省级卫生骨干人才1人，队伍平均年龄29岁。实验室建筑面积1400平米，其中仪器设备2000余万元，拥有二代(Illumina-Miniseq)、三代测序仪(MinION Mk1C)实验室；HIV病毒载量检测仪 (Abbott-M2000和Cepheid-GeneXpert)；全自动核酸提取检测一体机（AutoMolec 3000）。该实验室是国家致病菌识别网网络实验室，拥有微流体芯片检测系统，多病源快速检测系统（FilmArray ），质谱仪等先进检测设备。

病原微生物实验室经过多年的学科建设，学科能力和硬件水平不断提高，学科建设内容也不断完善和提升，开展了大量与疾病相关因素的分析检测及应用研究，为保障疾病预防控制工作以及突发公共卫生事件及时处置提供了强有力的技术支撑。